Para detectar y obtener la posición del scroll vertical («y») en pixeles en vanilla js es muy sencillo. Básicamente necesitamos usar el evento onscroll para detectar el movimiento del scroll y scrollY para obtener el valor en pixeles del desplazamiento vertical:

window.onscroll = function() {
  var y = window.scrollY;
  console.log(y);
};

Demo:

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